BioPharmics Surflex Platform 5.197

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免费下载适用于 Windows PC 的 BioPharmics Surflex 平台。它是用于高级分子建模和药物发现的综合软件套件。它包括各种模块来处理计算化学的不同方面，从小分子处理到虚拟筛选和结合亲和力预测。

BioPharmics Surflex 平台概述

它包含五个模块：工具、相似性、对接和 xGen 以及亲和力。每个模块都旨在简化特定的药物发现和分子建模任务，为研究人员提供强大而高效的工作流程。

工具模块

工具模块专注于小分子的制备和处理。它提供了一套功能，可确保快速准确地处理分子数据。

功能和优点：

• 2D 到 3D 转换：将 SMILES 或 SDF 输入转换为 3D 结构。
• 手性检测：识别并枚举手性中心。
• 质子化：调整分子的质子化状态。
• 构象生成：产生不同的分子构象。

该模块采用MMFF94sf力场进行结构推导，保证高精度。它特别擅长处理大环配体，并且可以纳入 NMR 限制，这对于大肽大环化合物至关重要。

相似性模块

Similarity 模块擅长使用 eSim 方法执行 3D 分子相似性操作，使其成为虚拟筛选和姿势预测的宝贵工具。

功能和优点：

• 虚拟筛选：高效筛选大型分子数据库，单个核心每天的速度超过 2000 万个化合物。
• 姿势预测：提供高度准确的姿势预测。
• 多配体比对：比对多个配体以进行比较分析。

该模块的虚拟筛选功能在实践和统计上都非常出色，使其成为高通量筛选的强大工具。

对接和 xGen 模块

这些模块为配体的虚拟筛选、位姿预测和 X 射线密度建模提供了全面的解决方案。

对接模块功能：

• PDB 检索：自动大规模检索和处理 PDB 结构。
• 结合位点对齐：使用 PSIM 进行基于表面的对齐。
• 袖珍变体选择：自动选择相关蛋白质构象进行虚拟筛选。

xGen 模块功能：

• 配体密度建模：使用构象集合进行真实空间细化。
• X 射线密度拟合：产生具有低应变能的化学敏感构象异构体，改善对 X 射线密度的拟合。

这些模块经过高度验证，可以高精度处理非大环和大环配体。

亲和力模块

Affinity模块使用QuanSA方法来预测结合亲和力和配体位姿，整合机器学习以提高预测准确性。

功能和优点：

• 结合亲和力预测：使用物理模型定量预测结合亲和力。
• 姿势预测：准确预测配体结合模式。
• 模型细化：使用新数据迭代地细化模型，随着时间的推移提高准确性。

该模块构建了近似蛋白质-配体相互作用因果基础的综合模型，使其成为药物发现的独特而强大的工具。

系统要求

• 操作系统：Windows 11/10/8.1/8/7
• 处理器：最低 1 GHz 处理器（建议 2.4 GHz）
• RAM：2GB（建议 4GB 或更多）
• 可用硬盘空间：建议4GB或更多

结论

BioPharmics Surflex 平台是一套多功能且功能强大的工具，旨在满足计算化学家和药物发现研究人员的多样化需求。其模块为小分子加工、分子相似性、对接和结合亲和力预测提供了全面的解决方案，使其成为该领域的重要工具。